之后的日子里，成吉思汗每天都会召邱处机前来，主要是学习养身之法。邱处机认真的教，成吉思汗认真的跟着他学，并请耶律楚才做好记录，有空的时候翻译成蒙古文字，以便自己可以时时阅读。
成吉思汗对身边的侍卫们说，长春真人讲的养生之道，很合我意。不过这些都是天机，你们可不要把这些道法随意泄露到外面去。
此时已到九月，花剌子模南部地区战事已稳。成吉思汗准备回师撒马尔罕。
九月十五日，成吉思汗命令拖雷率领其所部一万骑兵、一万重兵器车兵、一万后勤步兵，继续驻守申河北岸，自己率领蒙古骑兵主力返回撒马尔罕。邱处机也随驾北上，不时的向成吉思汗讲解道法。
九月三十日，蒙古骑兵主力返回撒马尔罕。成吉思汗入住行宫，邱处机上奏说不习惯住在城内，想回到城北山崖原来阿拉丁摩诃末苏丹的行宫住宿。成吉思汗表示同意。
十月六日，成吉思汗召邱处机觐见。成吉思汗说，五天时间没有见到真人，都觉得十分想念，还是请真人随我左右，寸步不离，如何？
邱处机说，山野之人修行已经有很长时间了，喜欢在安静的地方单独修行。而您的行宫之内，除了忽兰汗妃，还有许多女眷，如果随您一同起居活动，多有不便，也让我精神苦闷。要不这样，贫道还是住在北面山崖，此处离行宫不足二十里，成吉思汗如要召见贫道，半个时辰贫道就可以赶来。
成吉思汗只得同意。
之后邱处机一行一直住在撒马尔罕北面山里原阿拉丁行宫，成吉思汗派人给他们送来大量粮食物资。邱处机每次进城向成吉思汗讲道时，都会看见沿途有很多饿死的百姓。于是邱处机让弟子们把多余的粮食搬上他的马车，遇到饥饿无食的百姓，就把粮食送给他们食用，救活了很多百姓。当地百姓都尊称邱处机为“邱神仙”。
邱处机觉得时机成熟了，就对成吉思汗说，蒙古大军在外征战三年有余，将士们十分辛苦。现在花剌子模已经完全被占领，成吉思汗可能还是要考虑回师蒙古草原的事，不能一直呆在异国他乡吧。