花剌子模新都撒马尔罕是中亚着名古城，经济、文化和宗教中心，被称为“丝绸之路明珠”。撒马尔罕意为“肥沃的土地”。中国古代称之为“康居”，意思是适合居住的地方。公元前五世纪，善于经商的粟特人把撒马尔罕建成一座美轮美奂的城池。公元前三世纪，马其顿帝国的亚历山大大帝攻占了该城，当他看见这个城堡时不禁赞叹说，我去过很多地方，我所听说到的一切都是真实的，只是撒马尔罕要比我想象中更为壮观。撒马尔罕在中国唐朝时期，唐太宗派兵征服西域，到了唐高宗时期设置康居都督府，唐玄宗时期国家由盛而衰，在怛罗斯之战中唐军被大食军队所败，成为大食领土，从此脱离中原王朝。后被花剌子模占领，阿拉丁摩诃末苏丹将其立为新都。撒马尔罕是花剌子模第一大城，经济富裕、文化灿烂，有人口一百二十余万，城墙高约三丈，周长一百余里，开东南西北四道城门。
为了保卫撒马尔罕，阿拉丁也在蒙古大军从边境向撒马尔罕开进这半年时间里，做了充足的准备，要和蒙古大军在撒马尔罕城下决一死战。
政治上，阿拉丁以“丢失城池”、“损兵折将”、“消极怠战”、“贪污腐败”为由，罢免多个“后党”成员，并全部换上“帝党”成员。剩下为数不多的原“后党”成员，包括丞相秃儿干，在表示绝对效忠阿拉丁摩诃末苏丹后，才被阿拉丁留下来。通过这次人事大调整，使花剌子模上层官员绝对听命于阿拉丁号令，空前团结、众志成城的对抗蒙古大军。
军事上，撒马尔罕原有驻军十万人马，为了保卫撒马尔罕，阿拉丁还调集十万骑兵协同作战。而此时由于难民的涌入，撒马尔罕人口达到二百万人，阿拉丁派人从中挑选四十万预备军协同守城。