克尔凯郭尔所提倡的存在主义，强调哲学家应探讨现实中人生问题。他反对德国观念专门讲理想的东西，而以为人生最主要的是要很具体地把握住个人的存在，克尔凯郭尔个人对自己“孤独”与“例外”的感受，所以创造出对自己关心的哲学——存在主义。克尔凯郭尔的哲学，可以说是利用最简单的、感性的、我们日常生活里的方法，希望利用普通的、实际的、具体的方法来实现自己的存在，解消自己内心中的苦闷与荒谬。存在指此时、此地、此人的存在，是有血有肉的个人存在。个人存在中有喜怒哀乐，经由喜怒哀乐才能体验到真正人生。语言、理性和逻辑无法揭示每一个人独特的个性，无法揭示人的真正存在。对于后者，只能依靠每一个人本身内在的独特的主观体验。他的个人是一种为恐惧、颤栗、悲观、绝望等消极情绪所支配的个人。这种悲观消极的情绪是个人对自己的生存的最本真的体验。正是这种情绪驱使人采取行动，进行非此即彼的选择。
克尔凯郭尔又有单有理智思考不足以引发行动的观点，这种选择被形容为一种跨跃（leap）。必须有结束这一思考历程的决心，而且这决心必须由激情来产生。形成一个人的自我的这种激情，被他指为个体的内求性（inwardness）或主体性（subjectivity）。最重要的激情如爱情和信仰，并不只是偶然发生的，它们是必须被培育和养成的。克尔凯郭尔明确地把自己的哲学与传统哲学对立起来，特别是把对以黑格尔为代表的理性主义的批判当做自己哲学的根本方向。他认为黑格尔哲学的根本错误在于把逻辑必然性当做实在的统一性的最高原则以及理性和实在的统一性的保证，并由此而陷入了“客观主义”。世界无非是客观精神的必然显露，一切具体的、特殊的存在是这个普遍存在的实例，是这个整体中的某一阶段中某一成分。这样，人实际上失去了自己的自主性和独立性，失去了作出决定和进行选择的可能性，失去了自己的个性和自由，从而也将使自己忘却了对发生的事件责任，取消了个人从伦理上对待自己和世界的可能性。黑格尔哲学是一种用思想整体来牺牲个人、使人非人化的哲学，是对人的地位和尊严的一种蔑视。
克尔凯郭尔的存在主义有两大要义：其一是存在先于本质的理念，其意义是指人的生存是被动的、命定的（人之出生是男是女都不能由自己决定），可是人可以利用自己命定的这种存在，去创造自己的本质。所以人之所贵，并非由于他有一个命定的存在，并非由于他的历史背景、家世，亦非由于他出身的地位，而是在于人有选择改造自己的本质的自由，他如何选择做自己想要做的人，选择自己想要做的事，这就是人的本质。其二是克尔凯郭尔将存在分为三级：
感性存在：感性的存在通常是追求自己的快乐，追求轻薄的人生，追求自己自私的一面，是从维持生命到享乐方面的存在；
理性存在：是一种比较严肃的、尽责的人生，以理性的方法、哲学的方法，解决自己的问题，使自己对别人尽到伦理责任，合于社会道德的存在；
宗教性存在：是一种祈祷和爱的生活，是对神的自觉和崇敬，从而使精神有所寄托的存在。
在克尔凯郭尔一生的最后12年里着述甚多，同时出版了宗教、哲学、心理学，甚至关于幽默的书籍。在西格蒙德·弗洛伊德之前，他还写过一本完全针对焦虑的着作《恐惧的概念》，他在心理学方面的创新思想受到弗洛伊德的赞许。
信心的跳跃
克尔凯郭尔自认是反文化基督教的先知，他极其厌恶黑格尔的思想，认为黑格尔把圣经和先知的正宗基督教扭曲为文化性的基督教。这种文化基督教在他来看根本不是正宗的基督教。在他晚期的着作《讨伐基督教国度》中论到，这种每个人都是“基督徒”的社会，真正的基督教显然已经消失了。