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数码兽生息的世界就是「数码世界」，由神秘的主计算机「世界树」管理着整个世界。
然而数码兽们的数据量巨大化程度超过了世界树的预测，包含数码世界在内的全宇宙规模的大爆炸「数码危机(digitalhazard)」迫在眉睫。再这样下去数码世界将面临崩溃。
数码兽的特征在于「进化」，他们会一口气让数据量肥大化并进化。让后再通过网络从数码世界外部流入信息，因此进行不规则进化的情况非常多。
为了回避这场危机，世界树决定舍弃“旧数码世界”，重启“新数码世界”，也就是破而后立。
于是为了删除对于新世界无用的数码兽，执行了数码兽删除程序「x程序（xprogram）」。
这个计划被称为「方舟计划」，内容是将超负荷的数码兽全部一扫而光，只将世界树认为有必要的皇家骑士和研究对象保留。
只要是助于数码世界发展的，为此牺牲绝大多数数码兽的生命也无所谓——世界树秉承着的就是这么看起来冷血无情的理性思维，更何况导致数码世界过载的正是数码兽本身，为此进行删减，就和人因为电脑的卡顿清除垃圾数据一样，是无可厚非的。
就这样，主计算机世界树放出的「x程序」“删除”了数码世界全域的数码兽，并侵蚀破坏了数码世界那“丰富”的环境。
然而……
一些遭遇感染的数码兽（大体是自身强大的数码兽）顽强的生存了下来，数码核竟然自己摄取x程序并让构造脱胎换骨，然后诞生出对抗摄取的x程序的「抗体」并纳入到了数码核内部。